蛋白質(zhì)組學(xué)就是研究生物體不同時期所表達的全部蛋白質(zhì)或系統(tǒng)中所包含的所有蛋白質(zhì)的科學(xué)，通過對生命物質(zhì)的承擔者—蛋白質(zhì)進行定性定量等多重分析可以解釋眾多疾病發(fā)病的分子機理，為疾病治療提供相關(guān)的理論根據(jù)和解決途徑。單細胞蛋白質(zhì)組學(xué)顧名思義就是對單個細胞中的所有蛋白質(zhì)進行分析，從蛋白質(zhì)水平解釋細胞的多樣性和復(fù)雜性，可以實現(xiàn)細胞異質(zhì)性以及細胞類型的評估，并用于推斷細胞類型與蛋白質(zhì)種類和豐度之間的潛在關(guān)系。

質(zhì)譜技術(shù)憑借其高通量、高靈敏度以及高分辨率的優(yōu)勢已成為蛋白質(zhì)組學(xué)研究的強有力工具，同樣可用于單細胞蛋白質(zhì)組學(xué)研究。利用質(zhì)譜分析技術(shù)可以同時實現(xiàn)多種蛋白質(zhì)分析，包括蛋白質(zhì)種類和含量鑒定、分子質(zhì)量鑒定、結(jié)構(gòu)鑒定、翻譯后修飾類型定性定量鑒定以及蛋白質(zhì)相互作用分析等。