GE FANUC IS200VTURH2BAC 理解基因網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)和動(dòng)態(tài)

逆向工程概念已應(yīng)用于生物同樣，具體到理解的結(jié)構(gòu)和功能的任務(wù)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。它們調(diào)節(jié)生物行為的幾乎每個(gè)方面，并允許細(xì)胞進(jìn)行生理過程和對(duì)擾動(dòng)的反應(yīng)。因此，理解基因網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)和動(dòng)態(tài)行為是系統(tǒng)生物學(xué)的最大挑戰(zhàn)之一，在基礎(chǔ)研究之外的一些應(yīng)用中具有直接的實(shí)際影響。[37]使用分子生物學(xué)和數(shù)據(jù)科學(xué)方法對(duì)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行反向工程有幾種方法。它們通常被分為六類:[38]

這六類基因網(wǎng)絡(luò)推斷方法，根據(jù)[38]

• 共表達(dá)方法基于這樣的概念，即如果兩個(gè)基因表現(xiàn)出相似的表達(dá)譜，它們可能是相關(guān)的，盡管不能簡單地從共表達(dá)中推斷出因果關(guān)系。

• 序列基序方法分析基因啟動(dòng)子以找到特定的轉(zhuǎn)錄因子?結(jié)合域。如果預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合特定基因的啟動(dòng)子，可以假設(shè)存在調(diào)控聯(lián)系。

• 染色質(zhì)免疫沉淀(芯片)方法研究基因組-廣泛的DNA結(jié)合來推斷它們下游的基因網(wǎng)絡(luò)。

• 矯正方法將基因網(wǎng)絡(luò)知識(shí)從一個(gè)物種轉(zhuǎn)移到另一個(gè)物種。

• 文獻(xiàn)方法實(shí)施文本挖掘和人工研究來識(shí)別假定的或?qū)嶒?yàn)證明的基因網(wǎng)絡(luò)連接。

• 轉(zhuǎn)錄復(fù)合物方法利用轉(zhuǎn)錄因子之間蛋白質(zhì)相互作用的信息，從而擴(kuò)展了基因網(wǎng)絡(luò)的概念，包括轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)復(fù)合物。

通常，基因網(wǎng)絡(luò)的可靠性是通過遺傳擾動(dòng)實(shí)驗(yàn)，然后進(jìn)行動(dòng)態(tài)建模來測(cè)試的，其原理是移除一個(gè)網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)會(huì)對(duì)網(wǎng)絡(luò)中其余節(jié)點(diǎn)的功能產(chǎn)生可預(yù)測(cè)的影響。[39]基因網(wǎng)絡(luò)逆向工程的應(yīng)用范圍從理解植物生理機(jī)制[40]突出抗癌治療的新靶點(diǎn)