一種簡單的進行探針I(yè)D轉(zhuǎn)換的方法
爾云間? 一個專門做科研的團隊
???
在使用芯片數(shù)據(jù)時經(jīng)常遇到提取后表達矩陣的探針是全數(shù)字的或者字母加數(shù)字的，最近小果也遇到同樣的問題，如何轉(zhuǎn)換以ILMN_開頭的探針I(yè)D，這種類型的探針是由Illumina平臺產(chǎn)生的，對于小白來說不用進行過多的R語言操作也可進行id轉(zhuǎn)換。小果的操作步驟如下，僅供大家參考：
代碼如下：
eSet3 <- getGEO("GSE89632",
??????????????? destdir = '.',
??????????????? getGPL = F)
View(eSet3)
exp3 <- exprs(eSet3[[1]])
exp3[1:4,1:4]
dim(exp3)
write.table(exp3, file = "exp3.txt", quote = F, sep="\t")
查看提取到的表達矩陣的結(jié)果，探針I(yè)D格式均以ILMN_開頭
2.?提取表達矩陣的行名，并保存成a.txt文件
代碼如下：
a=rownames(exp3)
write.table(a, file = "a.txt", quote = F, sep="\t")
然后用excel打開a.txt文件，觀察文件格式（如下圖），可以看到文章有兩列，B列是我們需要的。
3.?打開gprofiler網(wǎng)站
（https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert），復制B列數(shù)據(jù)，粘貼到query框中，選擇需要的物種與Target namespace，點擊Run query。
4. 運行完成后的導出運行結(jié)果，保存為list.txt。
5. 用excel打開list.txt和exp3.txt，使用VLOOKUP函數(shù)，用list.txt中轉(zhuǎn)換后的ID匹配到exp3.txt中，最終得到選轉(zhuǎn)換后的表達矩陣。
好了，今天小果的分享就到這里，大家快去實踐吧。
