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原創(chuàng)?小果?生信果

經(jīng)過這段時(shí)間的學(xué)習(xí)，小果已經(jīng)接觸了很多癌癥數(shù)據(jù)的分析方法。但還是有很多沒接觸過的，今天小果要介紹的是用在線網(wǎng)站進(jìn)行腫瘤免疫功能障礙和排除 (TIDE) 分析以確定樣本的免疫治療反應(yīng)。

先上網(wǎng)址

http://tide.dfci.harvard.edu/

登陸后頁面如下

輸入文件需要進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化，標(biāo)準(zhǔn)化的方式一般選擇Z-score，一般對于行名為基因，列名為樣本的文件來說，一般按行進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化，標(biāo)準(zhǔn)化后的表達(dá)量為正負(fù)都有的形式，這樣的文件可以輸入，如果輸入的是為標(biāo)準(zhǔn)化或者log2標(biāo)準(zhǔn)化的文件，則會(huì)報(bào)錯(cuò)，顯示正表達(dá)量的數(shù)量大于80%。

輸入文件大致內(nèi)容如下

癌癥類型根據(jù)實(shí)際情況選擇，前兩個(gè)為目前研究的較成熟的癌癥，其他癌癥的結(jié)果要差一些。

選擇好后就可以點(diǎn)擊右下角按鈕進(jìn)行運(yùn)行了。

這個(gè)過程一般需要稍等片刻。

上圖反應(yīng)的為TIDE分值的分布情況，分值大于零的為沒反應(yīng)，分值小于零的為有反應(yīng)。下面可以下載完整的評分表。

網(wǎng)頁拉到底部，可以找到一個(gè)export to CSV按鈕，點(diǎn)此可以下載csv文件結(jié)果。

得到各樣本的表達(dá)量之后，可以畫箱線圖以反映樣本TIDE值在分子亞型或者高低風(fēng)險(xiǎn)組之間的差異。

像小果這個(gè)是不顯著的，但應(yīng)該也能反應(yīng)一些問題，有一點(diǎn)參考價(jià)值。不過話說回來了，對于小伙伴們來說最重要的是分析的方法。

好了，這就是今天的主要內(nèi)容了，小伙伴們有什么問題歡迎來和小果討論分享啊。

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