除了FerrDb還有第二個鐵死亡數(shù)據(jù)庫？?

鐵死亡非編碼RNA的數(shù)據(jù)庫ncFO能做什么？

新數(shù)據(jù)庫的出現(xiàn)能否讓研究鐵死亡非編碼RNA的熱情再度高漲？

要說鐵死亡的火爆程度，大家都是有目共睹的，包括文章的發(fā)表數(shù)量和國自然中標數(shù)量都是不斷上漲。并且預測新晉的銅死亡可能會追隨鐵死亡的步伐向前邁進！

研究的人多了就會出現(xiàn)數(shù)據(jù)庫，小云之前跟你們分享過鐵死亡數(shù)據(jù)庫（FerrDb）的操作方法。

沒想到在鐵死亡的熱度稍稍消退的時候，又出現(xiàn)了第二個鐵死亡數(shù)據(jù)庫，即鐵死亡非編碼RNA（ncRNA）的數(shù)據(jù)庫--ncFO。

數(shù)據(jù)庫的頁面風格屬于小清新，符合小云的少女心，個人是比較喜歡的

小云簡單操作了一下，主要有搜索板塊，可以搜索鐵死亡相關ncRNA：

還有預測板塊，可以預測與鐵死亡相關的ncRNA，還能在線對ncRNA進行表達水平、生存曲線、疾病分期、與靶基因相關性的分析：

可以輸入鐵死亡相關基因，基于共表達分析預測ncRNA：

還可以在submit中向ncFO數(shù)據(jù)庫提交新發(fā)現(xiàn)的鐵死亡相關的ncRNA。在“download”中，可以下載所有實驗驗證和預測的與鐵死亡相關的ncRNA數(shù)據(jù)。

那么隨著這個鐵死亡非編碼RNA數(shù)據(jù)庫的出現(xiàn)，能否迎來鐵死亡相關lncRNA生信分析的第二春呢？

小云覺的不管出現(xiàn)什么數(shù)據(jù)庫，創(chuàng)新性才是生信分析的關鍵，而用生信解決臨床問題才是buff加持！

發(fā)表時間：2022年2月

發(fā)表雜志：Frontiers in cell and developmental biology

影響因子：IF=6.081

文章題目：接受根治性放療的前列腺癌患者的鐵死亡相關基因預后指數(shù)與生化復發(fā)（BCR）和輻射抵抗相關

數(shù)據(jù)信息

研究思路

構建一種鐵死亡相關基因預后指數(shù)(FGPI)來預測接受根治性放療(RRT)的前列腺癌患者的生化復發(fā)(BCR)和輻射抵抗。功能富集分析、免疫檢查點和m6A分析，預測調控鐵死亡相關基因的非編碼RNA。并對前列腺癌的腫瘤免疫微環(huán)境(TME)進行了分析。結果發(fā)現(xiàn)FGPI可用于預測前列腺癌患者的BCR和輻射抵抗。CD96和PD-L2可能是藥物作用的靶點。

主要研究結果

總結

看完的整篇文章是不是覺得鐵死亡基因的風險評分很常見？但就是因為選擇了與疾病放療抵抗和生化復發(fā)作為分析重點，再利用豐富的數(shù)據(jù)集進行分析，使整個分析更有針對性和臨床價值。

如果你也想做另辟蹊徑、獨樹一幟的生信分析思路，快來咨詢小云吧！就算常規(guī)的分析方向，只要緊密聯(lián)系臨床問題，就能助力生信文章的發(fā)表！